За выдачу кредита все банки берут комиссию. Она разная - от 0,5 до 5%.
В Самые низкие ставки по ипотеке - это ставки программ АИЖК, разница - как раз в комиссиях Банков.
Если банки выдают кредиты под свои ставки - то они как правило выше.
Про банки, работающие по программам АИЖК очень подробно обсуждалось выше.