Во-первых, на доли взять ипотеку НЕЛЬЗЯ, если это не ПОЛНЫЙ выкуп квартиры. На счет бумаги - оформление в юстиции прав собственности на квартиру, т.е. полностью передача своего права собственности, и выдача нового ОДНОГО свидетельства на 1 собственника (100%).
Во-вторых, после передачи права собственности на квартиру (оформления св-ва на 1 участника в 100%), для получения ипотеки, эти двое могут не выписываться из квартиры (т.е. они будут прописаны, но не будут являться собственниками). Таким образом, после приобретения своей недвижимости они могут спокойно выписаться.

p.s. Квартира НЕ является "положительным" фактором для получения ипотечного решения, тем более, что она в долях! Это заблуждение ОЧЕНЬ многих!!! Положительным фактором для получения ипотечного решения является: место работы, зп (официальная), наличие действующих кредитов, просрочки.

Таким образом возможно решение: получить решение по ипотеке 2-им участникам. Переоформить квартиру на 3-его, не выписываясь. Подобрать себе вариант с жильем. Оформить ипотеку. После оформления - свободно выписаться из квартиры.