Какую сумму кредита вы хотите оформить? К чему вопрос: есть Банки, выдающие ипотеку и берущие МСК в качестве первоначального взноса, но у них жестковатая система расчета платжеспособности по клиентам. Максимальная сумма кредита с Вашей з/п составит 1100-1200 т.р. Если у Вас нет собственных накоплений, то будет тяжелова-то приобрести квартиру за эти деньги (в Новосибирске), т.к. помимо что квартира понравится Вам, она еще должна соответствовать требованиям Банка.
А если рассматривать просто вариант ипотека с использованием МСК (как гашение кредита) - то любой банк Вам подойдет. Существует множество программ с первоначальным взносом от 10%.