ну договор ни вы ни я не видели,поэтому строить предположения о порядке расчета смысла нет.
Факт то в том что представитель покупателя(мэрии) это одно из юрлиц АЮ,которое в свое очередь участник ЖСК.

Застройщик(заказчик) и подрядчик и схема строительства теже самые остались,соотвественно юрдицо АЮ(член кооператива-инвестор) внесло деньги сразу(по крайне мере по уставу),а уж порядок расчета с конечным покупателем это их дела