1 февраля 1994 года, принадлежащий МПС парк изотермических подвижных составов в количестве более чем 52 тысячи вагонов был поделён между бывшими союзными республиками.

После его раздела в Российской Федерации сохранилось практически такое же соотношение групповых составов и одиночных вагонов, а именно 83 % и 17 %. Бывшим союзным республикам было передано более 23 тысяч изотермических вагонов, из которых 96 % рефрижераторных, включая 18 % АРВ и 4 % вагонов-термосов. Российским железным дорогам досталось 28 073 изотермических вагона, включая 4633 служебных и 23 340 грузовых вагонов, из которых 17 960 вагонов были в составе 5-вагонных рефрижераторных секций, 4574 автономных рефрижераторных вагонов и вагонов-термосов. Остальные 974 — вагоны-ледники, рефрижераторные поезда и 12-вагонные секции первых лет постройки. В середине 1990-х годов на Российских железных дорогах была упразднена база технического обслуживания автономных вагонов (ПТО АРВ), что привело к исключению из обращения 2902 АРВ[7], и доля ГРПС в отечественном парке составила 93 %.
Рефрижераторные контейнеры на фитинговых платформах (станция Белогорск-2)
Несоответствие структуры парка изотермических вагонов потребностям грузоотправителей привело к отказу от использования ГРПС из-за необходимости накопления и реализации больших партий грузов (около 200 т), высоких тарифов на транспортировку[7] и переходу на контейнерные перевозки (груз загружается в Рефрижераторный контейнер и перевозится на универсальной или фитинговой платформе — фото слева)
В 1996 г. вследствие сокращения объёма перевозок и невостребованности ГРПС образовался избыток секций до 9 тыс. вагонов при остром недостатке одиночных вагонов. По ценам 1996 г. расходы на содержание одного вагона достигали 193 тысяч рублей[7] в сутки.
Для сокращения расходов на содержание ГРПС и повышения эффективности его использования Коллегия МПС Российской Федерации постановлением от 28 февраля 1996 года и указанием МПС от 28 марта 1996 г. № С-2570 потребовала привести парк изотермических вагонов в соответствие с предстоящим объёмом перевозимых грузов. Для этого было решено исключить из инвентаря все вагоны в составе 5-вагонных секций с полностью начисленной (на 1 января 1996 г.) амортизацией, из оставшихся 5-вагонных секций направить в запас МПС (холодный отстой) дополнительное количество вагонов с максимальным сроком службы и довести общее их число в холодном отстое до 4760 единиц (с учётом ранее отставленных)[7], а также переоборудовать обеспечивающие безопасность движения грузовые вагоны из числа исключаемых и отставленных в холодный отстой для использования в режиме «термос» с перенумерацией их в прочие.
Рефсекции, поставленные в середине 1990-х годов в запас. (ст. Ургал-1 ДВЖД)
В 1997 году в соответствии с решением расширенного заседания Коллегии МПС Российской Федерации от 19 мая 1997 года и во исполнение указания МПС РФ от 16 июня 1997 года было создано государственное унитарное предприятие «Рефсервис МПС» (ГУП «Рефсервис МПС»). В ГУП «Рефсервис МПС» был передан весь рефрижераторный подвижной состав, числящийся на балансе железных дорог, в том числе и в холодном отстое. Переоборудование грузовых вагонов рефрижераторных поездов для перевозки в режиме «термос» началось в 1997 году.
По состоянию на первое полугодие 2003 г. инвентарный парк ГУП «Рефсервис МПС» состоял из 17 198 вагонов, из которых 8166 (47,5 %) составляли грузовые вагоны и 2683 (15,6 %) служебные 5-вагонных секций (всего 63 %), 476 — АРВ и АРВ-Э (2,8 %), 1196 — вагоны-термосы (7 %), 4159 — ИВ-термосы (24 %) и 516 — вагоны для перевозки сахара (вагоны секций с демонтированной теплоизоляцией). Законсервировано 4410 грузовых и служебных вагонов (25,6 %) и 133 АРВ и АРВ-Э. В эксплуатации находились все вагоны-термосы, ИВ-термосы, вагоны для перевозки сахара, 4335 вагонов-секций (25,2 %) и 272 АРВ и АРВ-Э (менее 2 %). Остальные 6720 вагонов (39 %) числились в горячем запасе.[7]
Таким образом, за период с 1 февраля 1994 г. по 1 февраля 2003 г. (за 9 лет) инвентарный парк изотермических вагонов сократился на 9901 вагон, из которых было списано 8844 вагона и 1057 вагонов продано заинтересованным организациям. Из оставшегося парка 4159 вагонов было переоборудовано в ИВ-термосы и 516 — в вагоны для перевозки сахара. В результате структура парка изотермических вагонов изменилась. Уменьшилось количество секций на 11 676 вагонов (51,84 %), АРВ и АРВ-Э — на 2875 вагонов (86 %) и вагонов-термосов — на 27 вагонов (2,2 %).
После списания вагонов по сроку службы и переоборудования в ИВ-термосы средний возраст оставшихся изотермических вагонов в 1994 г. составлял около 10 лет. В 2005 г. их средний возраст повысится до 21 года. К началу 2010 г. закончится срок службы почти всех АРВ и секций ЦБ-5 постройки завода Дессау и у 70 % 5-вагонных секций БМЗ (в последние годы постройки нормативный срок службы изотермических вагонов был сокращён до 25 лет). Практически в 2010 г. в изотермическом парке вагонов останется 1196 вагонов-термосов и 2500 грузовых вагонов-секций, всего 3646 грузовых вагонов, что в 2,7 раза меньше парка вагонов, находившихся в эксплуатации в 2003 г. В 2015 г. закончится срок службы всех ГРПС и вагонов-термосов.[7]
По состоянию на 1 февраля 2003 г. парк ГРПС составлял 65 %, а ОИВ — 35 % (без учёта вагонов для перевозки сахара, которые после демонтирования теплоизоляции отнесены к обычным крытым вагонам).
28 декабря 2005 года путём реформирования филиала «Рефсервис» ОАО РЖД было создано дочернее общество ОАО «РЖД» в области перевозок грузов в изотермическом подвижном составе ОАО «Рефсервис». В 2007 году парк вагонов общества составлял более 6,6 тысяч вагонов[