Почти все автобусы и маршрутки с номерами из трёх цифр (кроме нескольких дачных маршрутов, но их в этом году хотят передать) переданы от Гортанса Минтрансу, а на карте Гортранса отображается только их маршруты.
Яндекс.Транспорт, похоже, берёт данные у Гортранса, поэтому несмотря на то, что сам маршрут 139 в приложении находится, автобусов не видно.
Раньше 139 отображался на bus54.info но теперь и там не отображается.
Так что, похоже только заставить Минтранс сделать свой аналог карты.