Из Толмачево до ЖД Вокзала с 4-00 утра до 22-30 вечера с интервалом в 30 минут ходит автобус 111э.
Вот расписание. Автобус комфортабельный и быстрый (от 25 до 45 минут в зависимости от ситуации на дорогах). Стоит всего 60 рублей.
Далее смотрите поезд 601Н до Бийска. Отправление, по данным
сайта rzd.ru, в 17:37 по Москве, т.е. в 20:37 местного времени. На ЖД вокзале можно попасть в комнату матери и ребенка, или принять душ и отдохнуть в комнате отдыха (цен не знаю, но явно дешевле аэропортовских гостиниц), а лучший вариант - сдать вещи в камеру и погулять целый день по Новосибирску

Поезд прибывает в Бийск в 03:25 по Москве, то есть в 6:25 по местному времени. Это удобно, т.к. автобус из Бийска в Горно-Алтайск (вам чуть-чуть не доезжая Г-А, до Маймы), выходит как раз
в 6:40.
Вот тут тоже сказано, что отправление с 6:40 каждые 2 часа. То есть вы прибудете на место около полудня, добавив себе полдня полноценного отдыха.
Таким макаром промежуточная гостиница в аэропорту вообще не нужна - в поезде нормально отоспитесь, не тратясь на гостиницу и получая целый день в Новосибирске (хотя бы посетив центр города и набережную). По этой причине поезд предпочтительнее автобуса. Из Бийска ходят как автобусы, так и такси, но таксисты на ЖД вокзале (как и во всем мире!) будут требовать нереального и рассказывать сказки.
Так что ИМХО самый лучший вариант: прилетели, получили багаж, сели в автобус, приехали на Новосибирск-Главный, возможно помылись-отдохнули в комнате матери и ребенка, сдали багаж в камеру хранения, пошли гулять прямо от ЖД в центр города, там поели, еще погуляли, ну съездили в зоопарк (он считается весьма достойным за Уралом), прошлись по набережной, вернулись на ЖД вокзал, получили вещи, сели в поезд, легли спать, утром встали, вышли из поезда, сели на автобус и в полдень вы на Ае
