Предусмотренное налоговой системой Казахстана налогообложение доходов иностранных (в т.ч. российских) организаций зависит от того, как нерезидент осуществляет деятельность: через постоянное учреждение (представительство) в Республике Казахстан или без его образования.
Может получиться, что при оплате вам за работы, казахский партнер как налоговый агент удержит налог (называется у них "подоходный налог у источника выплаты", касается юр.лиц) и уплатит его в бюджет Казахстана (или альтернативно на условный банковский вклад). Замучаетесь возвращать.
Казахским законод-вом для нерезидентов предусмотрена масса условностей и административных процедур (в частности подача заявления в их налоговые органы, куча бумаг, подтверждение своего нерезиденства, чтобы воспользоваться правом согласно Конвенции не платить там налог с доходов, полученных от источников в этом гос-ве, или вернуть уже удержанный).
Условиями контракта м.б. предусмотрено, что уплата этого налога производится за счет собственных средств резидента Республики Казахстан.
Уже не говоря о налогах в РФ, для этого как минимум надо знать систему н/о вашего юр.лица (ИП?) и какие работы, при классической системе у ЮЛ определить место реализации работ (ст.148 НК РФ) для исчисления НДС по ставке 18% или 0%, там тоже есть особенности.