В ответ на: Да, нужно подать 3-НДФЛ
И зачем? Деятельность по перевозкам переведена на ЕНВД. Плательщики ЕНВД освобождениы от уплаты НДФЛ. Если других ОКВЭДов не зарегистрировано, обязанности подавать 3-НДФЛ нет, если зарегистрированы - нулевка. А с нулевкой чего помогать? Сами поди справятся.
И НДС тут ни при чем - налог выделен в рамках деятельности, переведенной на ЕНВД, доходы учитываются в рамках ЕНВД, а не НДФЛ.

Перевожу налоговый кодекс с русского на русский.........
Много денег это когда в них можно книги прятать....