Попробуйте на сайте с проблемами совместимости нажать F12 и поэкспериментировать в режиме разработчика с двумя пунктами (см. вложение). Я думаю, что дело не в бразуре, а в разработчиках сайта, которые отсылают версию сайта для предыдущих версий IE в IE9.