Вообще, исследования показали, что бывалые пользователи ДубльГИСа моментально привыкают к такому расположению меню, а новые пользователи вообще не обращают внимания на разницу, потому что слева в принципе привычнее. В общем, всё дело в привычке.

Однако для тех, кто не хочет привыкать, реализована возможность настроить расположение справочника слева или справа. Как нравится.

Кроме того, блок слева - не только справочник. Это еще и вкладки для дополнительных плагинов. На скриншоте, например, вы можете увидеть такую вкладку как "Дополнительные слои".