Вам налоговая выплачивает сумму НДФЛ которую вы оплатили за три года до момента регистрации квартиры. Т.е., если документы на квартиру получите в 2014, то можете подать на возврат того ндфл что оплатили за 3 года - 2011,2012, 2013.
Потом в 2015 подаете на возврат ндфл-а за 2014 и т.д... Пока не вычтется вся требуемая сумма