Да, в наших банках может быть что угодно. И да, чисто теоретически там может оказаться и переплата, может оказаться и некорректное досрочное погашение, как в примере с Уралсибом выше. Но это все частные случаи, не имеющие ничего общего с теорией банковского процента и аннуитетным порядком платежей.
Если банк в составе ежемесячного платежа учитывает что-либо сверх текущих процентов за месяц - то это уже не аннуитет (как бы его там не называл при этом банк). И да, с такими банками можно и нужно судиться.
Собственно в письме ВАС о том и идет речь, что был предоставлен расчет из которого было видно, что проценты брались "вперед" (что запрещено ГК, и с этим я нисколечки не спорю). Обычный нормальный аннуитет - это проценты за месяц (и ни копейкой больше) + часть основного долга по графику (что и дает в итоге равные платежи). Такой аннуитет не противоречит ни нормам ГК ни чему бы то ни было еще, и переплаченных процентов при правильном аннуитете не возникает независимо от количества и объема досрочных погашений.
А то, что финансово безграмотные юристы начинают писать статьи (как по ссылке) я вообще комментировать не собираюсь.

Чтобы увидеть радугу, надо пережить дождь... (с)