1. Ну начнем с того что дыры в Joomla латаются постоянно, а в внутристудийных движках зачастую не латаются никем.
2. Особых трудов не стоит обновлять версию движка до более современной, в то время как тот же битрикс через год уже шлёт куда подальше и ничего скачать не даёт.
2.2 Техподдержка по JOomla порой значительно более оперативна чем по коммерческим движкам.
3. Ничто не мешает на Joomla использовать собственный дизайн шаблонов.
4. Какой смысл брать с заказчика дополнительные тысяч 10 на лицензию для CMS если за меньшую сумму человек готов слабать на этой джумле для них сайт?

А так на самом деле разработчику выгоднее сделать сайт на платной CMS и срубить % от покупки лицензии чем делать на бесплатной и этого процента не срубить=).