Строго говоря, на основе текущих знаний, я как бэ думаю, что должен быть отказ в регистрации. Норма однозначно требует договор. Впрочем, она и акт требует, который предоставлять не обязательно) В пользу возможности реорганизации без договора, в данном случае, говорит лишь специфика учреждений, они ни о чем не договаривались, так решило правительство вот и все. И в такой ситуации, в общем-то, наверное, было бы разумно исключить договор как таковой из перечня.

Люди, ориентированные на обладание, полагаются на то, что они имеют, люди, ориентированные на бытие, полагаются на то, что они есть. Э.Фромм